Елена Октябревна Цыплакова родилась 13 ноября 1958 года в Ленинграде в творческой семье. Родители ее были известными промышленными художниками-графиками. Отец Елены был болен туберкулезом и, опасаясь, что болезнь может передаться дочери, родители отправили шестилетнюю девочку в интернат.

С детских лет Елена занималась фигурным катанием, плаванием и пятиборьем. Сниматься в кино она начала, еще будучи школьницей. Первый фильм, в котором она снялась - фильм режиссера Динары Асановой "Не болит голова у дятла" - вышел на экраны в 1975 году, а в 1978 году был признан лучшим иностранным фильмом на Кубе. Потом были фильмы "Шаг навстречу", "Иван и Коломбина", "Ключ без права передачи".

В 1978 году Цыплакова окончила актерский факультет Государственного института театрального искусства им. А.В. Луначарского, в 1979 году - актерский факультет Всесоюзного государственного института кинематографии (мастерская Льва Кулиджанова и Татьяны Лиозновой). В 1985 году она окончила режиссерский факультет ВГИКа.

В 1979-1981 годах Цыплакова играла в Малом театре.

Фильмография актрисы насчитывает более сорока ролей. Цыплакова снималась в фильмах "Вдовы" (1976), "Ненависть" (1977), "В зоне особого внимания", "Д' Артаньян и три мушкетера", "Школьный вальс", "Солнце в авоське", "Взрослый сын", "Приключения принца Флоризеля", "Мы из джаза", "Трое на шоссе", "Гостья из будущего", "Гардемарины, вперед!", "За прекрасных дам!", "Сукины дети" и других известных картинах.

В конце 1980-х актриса побывала с киноделегацией в Африке, где заболела тяжелой формой малярии. Чудом осталась жива, долго лечилась. Из-за назначенных ей препаратов набрала вес и не могла больше выступать в прежнем амплуа. Пережив депрессию, вызванную утратой любимой работы, актриса вернулась в кино в качестве режиссера.

После режиссерского дебюта в фильме "Гражданин убегающий" в 1988 году на Цыплакову обратил внимание Карен Шахназаров, который пригласил ее в свое творческое объединение "Старт". Именно там в 1989 году Цыплакова и сняла свою первую серьезную картину – "Камышовый рай", которая удостоилась приза за режиссуру на МКФ в Сан-Себастьяне. Позже она поставила фильмы "На тебя уповаю" (1992, Гран-при первого Международного кинофестиваля мелодрамы "Хрустальная слеза", спецприз жюри в Швейцарии. Картина занесена во всемирную энциклопедию "Британика"), "Семейные тайны" (2001), "Полосатое лето" ( 2004).

Сейчас Елена Цыплакова почти не снимается в кино. Она занимается педагогической деятельностью: ведет режиссерский курс и является деканом факультета кино и телевидения в университете Натальи Нестеровой.