Вагит Юсуфович Алекперов родился 1 сентября 1950 года в поселке Разина около города Баку Азербайджанской ССР (ныне – Республика Азербайджан) в семье служащего. Отец – Алекперов Юсуф Кербалаевич, азербайджанец, ветеран Великой Отечественной войны; ушел из жизни в 54-летнем возрасте, когда Вагиту – младшему сыну – было три года; мать – Алекперова Татьяна Федоровна, русская; после смерти мужа одна вырастила пятерых детей.

В 1974 году окончил вечернее отделение Азербайджанского института нефти и газа им. Азизбекова по специальности "Горный инженер по технологии и комплексной механизации разработки нефтяных и газовых месторождений".

С 1972 по 1979 год Вагит Алекперов работал в Нефтегазодобывающем управлении им. А.П.Серебровского Производственного объединения "Каспморнефть" (НГДУ им. А.П.Серебровского ПО "Каспморнефть"): буровиком (1972-1974), оператором по добыче нефти и газа, инженером-технологом (1974-1977), начальником смены (1977-1978), мастером (1978), старшим инженером - заместителем начальника нефтепромысла (1978-1979).

С октября 1979 по 1985 год Алекперов работал в Сибири в Производственном объединении (ПО) "Сургутнефтегаз". В 1979-1980 годах работал старшим инженером, начальником нефтепромысла №2 НГДУ "Федоровскнефть" ПО "Сургутнефтегаз" (г. Сургут Тюменской области).

В 1980-1981 годах был начальником Центральной инженерно-технологической службы НГДУ "Холмогорнефть" ПО "Сургутнефтегаз" (пос. Ноябрьск Пуровского района Тюменской области).

С 1981 по 1983 годы занимал должность главного инженера - заместителя начальника НГДУ "Лянторнефть" ПО "Сургутнефтегаз" (пос. Лянтор Сургутского района Тюменской области).

В 1983-1985 годах Алекперов работал начальником НГДУ "Повхнефть" ПО "Сургутнефтегаз" (пос. Когалым Сургутского района Тюменской области).

С 1985 по 1987 годы являлся первым заместителем генерального директора по Западной Сибири ПО "Башнефть" (пос. Когалым Сургутского района Тюменской области РСФСР).

В 1984-1990 годах был генеральным директором ПО "Когалымнефтегаз".

С января 1990 по 1991 год Вагит Алекперов занимал пост заместителя министра нефтяной и газовой промышленности СССР.

В 1991 году был назначен первым заместителем министра нефтяной и газовой промышленности СССР.

С 1991 года Алекперов - вице-президент Международного нефтяного консорциума (МНК). Заместитель председателя Союза нефтеэкспортеров России.

В конце 1991 года Алекперов выступил инициатором создания Нефтяного концерна "Лангепас-Урай-Когалым-нефть" (позже – ОАО "ЛУКойл"), зарегистрированного 25 ноября 1991 года как структурное подразделение Министерства топлива и энергетики.

С 1992 по 1993 год Алекперов возглавлял Нефтяной концерн "Лангепас-Урай-Когалым-нефть".

5 апреля 1993 года государственный концерн "Лангепас-Урай-Когалым-нефть" был преобразован в акционерное общество "Нефтяная компания "ЛУКойл", президентом которого стал Алекперов.

С 1993 по январь 2000 года Алекперов был председателем Совета директоров ОАО "ЛУКойл".

В 1995-1998 годах Алекперов был председателем наблюдательного совета, членом попечительского совета, председателем попечительского совета банка "Империал".

В 1995-2000 годах - председателем Совета директоров банка "Петрокоммерц".

В 1996–2002 годах входил в состав совета директоров ЗАО "Волжско-Камской нефтяной компании".

В 2001-2004 годах возглавлял правление Ассоциации НТЦ НК "ЛУКОЙЛ".

В 2001-2006 годах был председателем совета директоров ОАО "РИТЭК".

С 2000 года - председатель наблюдательного совета "ЛУКОЙЛ Интернешнл ГмбХ".

С 2005 года - член правительственной комиссии по вопросам топливно-энергетического комплекса и воспроизводства минерально-сырьевой базы.

В апреле 1996 года - во время кампании по выборам президента РФ - Алекперов был доверенным лицом президента РФ Бориса Ельцина в Тюменской области.

В 2000 году Алекперов вошел в состав правления Российского союза промышленников и предпринимателей (РСПП). Впоследствии он дважды - в 2003 и 2006 годах - переизбирался в правление. В июне 2006 года Алекперов возглавил в созданный в РСПП комитет по вопросам энергетической безопасности, энергоэффективности и развития отраслей ТЭК.

Алекперов - доктор экономических наук, действительный член Российской академии естественных наук, автор ряда книг и научных публикаций, среди которых монографии "Вертикально интегрированные нефтяные компании России: Методология формирования и реализации" (1996) и "Нефть России: Взгляд топ-менеджера" (2001).

Вагит Алекперов - дважды лауреат премии правительства Российской Федерации, награжден четырьмя орденами и восемью медалями, среди которых орден "Знак Почета" (1986), Дружбы (1996), орден Славы (за заслуги в развитии экономических связей между Азербайджаном и РФ), медаль "За освоение недр и развитие нефтегазового комплекса в Западной Сибири", орден "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2005).

Согласно рейтингу журнала Forbes, опубликованному в марте 2007 года, состояние Вагита Алекперова в 2007 году достигало 14,3 миллиарда долларов.

Согласно рейтингу журнала Forbes, опубликованному в марте 2009 года, к 2009 году Вагит Алекперов стал одним из трех россиян, включенных в сотню самых богатых людей мира. Состояние Алекперова, по данным журнала, достигло 7,8 миллиарда долларов. В мировом рейтинге самых богатых людей мира в 2009 году он занимает 57 место.

Алекперов женат, в 1990 году у него родился сын - Юсуф.